Согласно законодательству РФ в сфере образования, право на управление образовательным учреждением имеют все участники образовательного процесса.

С 2005 года в нашем лицее осуществляется государственно-общественное управление.

С февраля 2011 года органами управления лицеем являются: Наблюдательный совет, Управляющий совет,  а также иные предусмотренные федеральными законами и Уставом лицея органы: общелицейская конференция, педагогический совет:

Оперативное управление осуществляет директор лицея.

В МАОУ лицее №28 нет структурных подразделений.