Согласно законодательству РФ в сфере образования, право на управление образовательным учреждением имеют все участники образовательного процесса. С 2005 года в нашем лицее осуществляется государственно-общественное управление. С февраля 2011 года органами управления лицеем являются Наблюдательный совет, директор лицея, а также иные предусмотренные федеральными законами и Уставом лицея органы: общелицейская конференция, Управляющий совет, педагогический совет: В МАОУ лицее №28 нет структурных подразделений.